2009年1月17日，衛生部、國務院糾風辦、發展改革委、工商總局、食品藥品監管局、中醫藥局聯合印發了《進一步規范醫療機構藥品集中采購工作的意見》（衛規財發〔2009〕7號），要求全面實行以政府為主導、以省（自治區、直轄市）為單位的網上藥品集中采購工作。按照《中共中央、國務院關于深化醫藥衛生體制改革的意見》和國務院《醫藥衛生體制改革近期重點實施方案（2009-2011年）》確定的原則，現就有關問題作出以下說明。
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一、關于堅持政府主導
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堅持政府主導是深化醫藥衛生體制改革的要求，是建立健全藥品供應保障體系的需要，是安全有效使用醫療衛生公共資金的保證。
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在藥品集中采購中堅持政府主導，主要體現在以下三個方面。
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一是政府加強組織領導。各省（區、市）人民政府應當組織和健全由相關部門組成的藥品集中采購工作領導機構、管理機構和工作機構，并給予人、財、物等方面的保障。
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二是政府建立非營利性采購交易平臺。各地應當建立政府非營利性的藥品集中采購交易平臺，并確保政府擁有平臺的所有權和使用權，這是堅持政府主導的核心標志。這個平臺不僅要承擔包括國家基本藥物在內的各種藥品的采購工作，也要承擔高值醫用耗材的采購工作，還要承擔省級管理的乙類大型醫用設備的采購工作。采購交易平臺要做到安全可靠、功能完善、數據齊全、監管嚴密。目前采購交易仍收取一定費用的，應當向政府提供經費支持、醫療機構和醫藥企業免費采購交易的方式轉變。
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三是政府要對采購交易全過程加強監督管理。地方各級政府應當按照國家關于深化醫藥衛生體制改革總體部署及有關文件的要求，結合本地實際情況，制定完善轄區內藥品集中采購實施細則，規范醫療機構和醫藥企業在醫藥購銷活動中的行為，保證藥品集中采購活動公開、公平、公正。
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二、關于以省（區、市）為單位集中采購
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實行以省（區、市）為單位集中采購所形成的價格，是醫藥企業向省（區、市）內所有參加藥品集中采購醫療機構的供應價格。實行以省（區、市）為單位集中采購，有利于集中省內專家的集體智慧，選購優質藥品，保證用藥安全；有利于節約政府部門、醫療機構和醫藥企業的人力、物力和財力，有效降低采購成本；有利于發揮集中采購的規模效益，降低采購價格。
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實行以省（區、市）為單位集中采購，要合理劃分省、市（地）、縣管理事權。省級負責集中采購的組織和實施，市（地）、縣級負責本級集中采購的監管。
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三、關于實行網上集中采購
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網上集中采購，就是要求集中采購的全過程要通過網上運行來實現。要充分利用網絡的優勢，使醫療機構與醫藥企業通過互聯網開展采購和銷售，為政府監督和決策提供有力的支持。各醫療機構與醫藥企業的購銷活動必須在采購平臺上"陽光操作"，使藥品采購切實做到招標公開、價格公開、采購公開和使用公開。
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四、關于建立科學的藥品采購評價辦法
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要合理劃分藥品類別。劃分過粗，可能使部分療效確切、質量較好的藥品難以中標；劃分過細，則可能影響藥品有效競爭，不易降低藥品采購價格。要注意兼顧藥品質量、企業標準、生產工藝、科技水平等方面因素，加大質量分權重。保證中標藥品質優價廉，促進優質企業發展。
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五、關于組織專家評標議標
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要做好專家庫建設和專業分類管理工作。進行專業分類的目的是為了更好地保證入圍品種和價格的合理性。在具體品種議價和談判時，根據不同品種類型抽取不同的類別專家，保證談判結果更加合理。
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要嚴格把好專家評議關。評標專家要隨機抽取，進行全封閉式評標議標；對投標品種的安全性、療效、副作用、企業規模、品牌知名度、企業服務等指標，進行綜合評價；評議意見要以藥品療效和安全性為依據，并記錄在案，嚴禁以專家個人意愿確定中標品種。
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六、關于合理控制中標率
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確定集中采購藥品的中標率，必須全面分析投標品種數量，考慮省（區、市）內各地區的社會經濟發展差異，把握本省（區、市）地域范圍大小。合理確定中標率，有利于規范采購秩序，促進企業開展合理的價格競爭。
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七、關于減少藥品流通環節
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藥品集中采購實行醫藥生產企業直接投標。投標人須持有生產企業證明文件。生產企業設立的僅銷售本公司產品的商業公司、進口產品國內總代理可視同生產企業。中標藥品配送到全省（區、市）參加集中采購的醫療機構的費用，包含在中標價格之中。中標的生產企業負責全省（區、市）的配送，中標企業可以自行配送，也可以委托其他具有現代物流能力的醫藥經營企業進行配送，如果本地區尚無具有現代物流能力的醫藥經營企業，可以委托其他大型醫藥經營企業配送。原則上每種藥品只允許委托一次，但在一個地區可以委托多家進行配送。如果被委托企業完成不了配送任務，需要再委托另一家醫藥企業配送的，應當由中標企業提出申請，經省（區、市）醫藥采購領導小組管理部門審查批準，但不得提高中標藥品的采購價格。列入國家基本藥物目錄的藥品，按照國家基本藥物制度規定執行。
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八、關于認真履行藥品購銷合同
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合同是規范醫藥購銷雙方行為的法律依據，醫藥購銷雙方必須按照規定內容如實簽訂，依法執行。
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各醫療機構必須按照至少不低于上年度實際使用量的80%，向省（區、市）藥品集中采購領導小組管理部門申報當年采購數量，并只能購買中標藥品；遇有特殊情況需要購買中標以外藥品時，需報經省（區、市）藥品集中采購領導小組管理部門審批同意。醫療機構和醫藥企業必須按照藥品購銷合同購銷藥品，不得進行"二次議價"。嚴格對藥品采購發票進行審核，防止標外采購、違價采購或從非規定渠道采購。
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九、關于規范醫療機構合理用藥
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規范醫療機構合理用藥，要從因病施治抓起，規范診療行為；要抓好醫療機構經濟運行管理，嚴格成本核算，加強成本控制；要嚴格對藥品的采購、使用情況進行監管，建立醫藥購銷行為公示、"陽光用藥"等管理制度。
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十、關于落實部門責任
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藥品采購工作涉及范圍廣，管理部門多，各部門應當履行各自職責，切實加強監督管理，防止因采購集中度的提高，出現新形式的腐敗問題。
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要充分認識加強藥品采購管理工作對于深化醫藥衛生體制改革、整頓醫藥購銷秩序、規范醫療服務行為、解決群眾看病就醫問題的重要意義，從維護人民群眾根本利益的高度出發，兼顧各方利益，建設科學的藥品供應保障體制。要按照有關規定，針對實際情況，完善藥品集中采購工作中財政保障、醫保支付、價格調整等相關政策，相互配合，協同行動。要不斷地研究新情況，采取新措施，解決新問題，確保以政府為主導、以省（區、市）為單位的網上藥品集中采購工作順利進行。